1905年,于右任、邵力子等原震旦公学学生脱离震旦,拥戴马相伯在吴淞创办复旦公学。校名撷取自《尚书大传?虞夏传》“卿云烂兮,纠缦缦兮;日月光华,旦复旦兮”两句中的“复旦”二字,本义是追求光明,寓含自主办学、复兴中华之意。马相伯、严复等先后担任校长。1913年李登辉开始担任校长,一直到1936年。在他长达23年的校长任内,复旦发展成为一所以培养商科、经济、新闻、教育、土木等应用型人才闻名的、有特色的私立大学,形成了从中学到研究院的完整的办学体系。
1937年抗日战争爆发后,复旦部分师生在吴南轩校长带领下,辗转内迁重庆北碚(渝校)。1941年增设了农学院。经国民政府行政院批准,1942年元旦复旦由私立改为国立,全称为国立复旦大学,吴南轩、章益先后出任校长。1946年夏,渝校迁回上海江湾原址,与沪校合并,学校的规模进一步扩大。